醫院前身為白求恩醫科大學第三臨床學院。成立于1949年11月，是中國人民解放軍長春醫科大學外科學院。經歷了中國人民解放軍第三軍醫大學第三臨床學院、中國人民解放軍第一軍醫大學第三臨床學院、吉林醫科大學第三臨床學院、白求恩醫科大學第三臨床學院。1993年7月，醫院主體遷至長春經濟技術開發區新址。新醫院由吉林省政府和長春市政府、國家衛生和計劃生育委員會投資基礎設施、日本政府免費援助價值26億日元先進設備共同建設。為了紀念中日人民與政府之間的友誼，醫院被命名為白求恩醫科大學第三臨床學院（中日友誼醫院）。2000年6月，吉林大學、白求恩醫科大學等五所大學合并成立了新的吉林大學，醫院被稱為吉林大學中日友誼醫院。