北京中醫藥大學東直門醫院建立于1958年，是一所集診療、教學、科學研究為一體的大型綜合中醫醫院。是全國僅有的一所進到地方“211工程”建設的高等中醫藥學校——北京中醫藥大學的第一臨床醫學院，并率先成為全國示范性中醫院、三級甲等中醫醫院、地方中醫臨床研究基地建設單位（三個重點病種：腦中風、老年性癡呆病、糖尿病腎病）和地方食品類藥監局評定的地方藥品臨床試驗組織 。北京中醫藥大學東直門醫院還是北京醫保定點醫療機構，國家民政部“明天計劃”腦癱患兒手術康復和“點燃心希望”先心病醫治定點醫療機構。

　　二零一零年，北京中醫藥大學東直門醫院被確立為“地方中醫藥學發展綜合改革試點區”建設示范基地和戰略合作簽約企業。二零一一年8月6日，原通州區中醫院與本院整合，并取名為北京中醫藥大學東直門醫院東區。醫院開創性地于1991年較早在歐州創建了分院——德國魁茨汀醫院，做為重要的中醫藥國際交流窗口，載入中德外交史冊。在世界各國享有盛名和獲得眾多消費者的一致好評。